天津大學四川創新研究院李國良獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉天津大學四川創新研究院申請的專利一種基因組裝的多線程化方法及系統獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115359842B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-23發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202211034382.0,技術領域涉及:G16B30/20;該發明授權一種基因組裝的多線程化方法及系統是由李國良;張也;彭德華;吉祥宇;劉原馳;陸嘉華;趙書磊;陳星霖;唐善雯;吳蕾設計研發完成,并于2022-08-26向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種基因組裝的多線程化方法及系統在說明書摘要公布了:本發明公開了一種基因組裝的多線程化方法及系統,該方法包括如下步驟:S1:生成ID對接表;S2:使用B+樹索引分別從硬盤或虛擬內存中提取編號readID對應的堿基序列;S3:將對接關系后的多條序列依次與基準序列匹配;S4:讀取能夠和基準序列匹配的下一批編號readID的堿基序列;S5:輸出線程標識和匹配合并輸出后的小型重疊群smallcontig;S6:當ID對接表讀取完畢后,遍歷ID對接表,將線程標識表中零散編號readID的堿基序列替換為相應的堿基序列ID,并輸出單核苷酸變異SNP信息表。本發明通過組建服務器集群進行計算,以其中一臺作為共享存儲,其他服務器各自領取任務執行,實現服務器多機并行計算,組裝算法的線性性能遞增,無限降低計算時間。
本發明授權一種基因組裝的多線程化方法及系統在權利要求書中公布了:1.一種基因組裝的多線程化方法,其特征在于,包括如下步驟: S1:將測序文件賦予自定義編號,對堿基序列使用神經網絡模糊匹配算法獲得其對應關系,即ID對接表; S2:開啟多線程,每個線程按行讀取ID對接表中的對應關系,并在該行前打上線程標識,使用B+樹索引分別從硬盤或虛擬內存中提取編號readID對應的堿基序列; S3:將對接關系后的多條序列依次與基準序列匹配,能對齊的合并,不能對齊的舍棄; S4:繼續讀取能夠和基準序列匹配的下一批編號readID的堿基序列,并提取對應的序列再次和該批次基準序列匹配; S5:若下一批序列的匹配已經有線程開啟計算,則終止提取下一批序列,輸出線程標識和匹配合并輸出后的小型重疊群smallcontig; S6:若下一批序列的匹配暫無線程開啟計算,則繼續提取和基準序列匹配的下一批序列,和該批次的基準序列匹配,直到有一批序列中有一條已被其他線程開啟計算,則終止本次計算,輸出線程標識和匹配合并輸出后的小型重疊群smallcontig; S7:當ID對接表讀取完畢后,遍歷ID對接表,將線程標識表中零散編號readID的堿基序列替換為相應的堿基序列ID,并輸出單核苷酸變異SNP信息表。
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