中國水產科學研究院黃海水產研究所葉乃好獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉中國水產科學研究院黃海水產研究所申請的專利一種篩選跨物種HGT的方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN119943151B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-23發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202510103119.X,技術領域涉及:G16B35/20;該發明授權一種篩選跨物種HGT的方法是由葉乃好;范曉;吳宇坤;張曉雯;徐東;王依濤;孫科;張朋艷;王樂普;王巍設計研發完成,并于2025-01-22向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種篩選跨物種HGT的方法在說明書摘要公布了:本發明屬于生物信息學技術領域,具體涉及一種篩選跨物種HGT的方法。該方法包括構建背景數據庫、推斷同源組、構建基因系統發育樹、基于基因樹的HGT推斷、基于基因樹推斷候選HGT的驗證、將HGT分配到時間線等步驟。該方法通過整合系統發育分析、序列比對、基因功能注釋以及統計驗證等多步驟流程,實現了對大量基因數據集中HGT事件的高通量、自動化篩選。本發明的方法特別適用于跨越生物界的超長時間長度和超遠進化距離的HGT研究,能夠為理解生物進化歷程中的基因流動和功能增強提供重要的科學工具。
本發明授權一種篩選跨物種HGT的方法在權利要求書中公布了:1.一種篩選跨物種HGT的方法,其特征在于,包括以下步驟: 步驟一:構建背景數據庫,所述背景數據庫包含涵蓋原核生物和真核生物系統發育譜系的已知蛋白質序列,并去除高度同源和冗余的序列; 步驟二:對背景數據庫中的任意兩條蛋白質序列進行BLAST比對,計算基于每對基因組合中的互為最佳比對的同源組關聯網絡,并采用無監督的隱馬爾可夫聚類算法對同源組關聯網絡進行聚類,生成包含多個同源組的數據庫; 步驟三:對于每個待分析的查詢蛋白質序列,在背景數據庫中搜索同源序列,并進行嚴格的序列比對和修剪,構建單基因系統發育樹,并通過超快速自舉測試、類似然比近似測試、近似貝葉斯測試、快速局部自舉概率測試中的至少一項評估進化樹各個分支的支持度; 步驟四:在以查詢序列為中心構建的單基因系統發育樹中檢索該查詢序列與遺傳距離上遠緣序列相互嵌套的拓撲結構;通過定義嵌套位置、設置最小支持節點閾值,篩選出潛在的跨物種HGT;同時,記錄查詢序列在受體組和供體組中的單系最相似匹配序列; 步驟五:通過計算外異指數、HGT得分支持指數、HGT分支長度支持指數及其共識命中支持指數,評估潛在的跨物種HGT的置信度; 步驟六:通過追蹤跨物種HGT后代的最小分類邊界和供體后代的最小分類邊界,估計跨物種水平轉移事件的發生時間;結合分子鐘方法和考古、化石證據,為跨物種HGT提供時間背景。
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