深圳市硬核酸生物科技有限公司謝禹鑫獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)獲悉深圳市硬核酸生物科技有限公司申請的專利靶點(diǎn)確定方法及裝置、計(jì)算機(jī)設(shè)備獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN116312755B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-09-19發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202211553946.1,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16B15/30;該發(fā)明授權(quán)靶點(diǎn)確定方法及裝置、計(jì)算機(jī)設(shè)備是由謝禹鑫;陳盛培;陳婉婷;潘小瑜設(shè)計(jì)研發(fā)完成,并于2022-12-06向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本靶點(diǎn)確定方法及裝置、計(jì)算機(jī)設(shè)備在說明書摘要公布了:本公開提供了一種靶點(diǎn)確定方法及裝置、計(jì)算機(jī)設(shè)備。方法包括:獲取信使核糖核酸mRNA靶點(diǎn)序列、mRNA靶點(diǎn)序列中各個(gè)點(diǎn)位的n1個(gè)特征、任意兩個(gè)點(diǎn)位的距離、各個(gè)點(diǎn)位的能夠結(jié)合的鹽度和濕度,n1為正整數(shù);將mRNA靶點(diǎn)序列、mRNA靶點(diǎn)序列中各個(gè)點(diǎn)位的n1個(gè)特征、任意兩個(gè)點(diǎn)位的距離、各個(gè)點(diǎn)位的能夠結(jié)合的鹽度和濕度輸入二級結(jié)構(gòu)模型,得到mRNA靶點(diǎn)序列對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)矩陣,二級結(jié)構(gòu)模型用于基于mRNA序列確定mRNA序列對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)矩陣,二級結(jié)構(gòu)矩陣的每個(gè)元素表示對應(yīng)二級結(jié)構(gòu)的打開概率;基于最優(yōu)路徑搜索算法從二級結(jié)構(gòu)矩陣中選取一個(gè)或多個(gè)最優(yōu)路徑,并基于最優(yōu)路徑確定所有候選靶標(biāo)序列。該方法無需對每個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行生物實(shí)驗(yàn),耗時(shí)短,成本低,效果好。
本發(fā)明授權(quán)靶點(diǎn)確定方法及裝置、計(jì)算機(jī)設(shè)備在權(quán)利要求書中公布了:1.一種靶點(diǎn)確定方法,其特征在于,所述方法包括: 獲取信使核糖核酸mRNA靶點(diǎn)序列、所述mRNA靶點(diǎn)序列中各個(gè)點(diǎn)位的n1個(gè)特征、任意兩個(gè)點(diǎn)位的距離、各個(gè)點(diǎn)位的能夠結(jié)合的鹽度和濕度,n1為正整數(shù); 將所述mRNA靶點(diǎn)序列、所述mRNA靶點(diǎn)序列中各個(gè)點(diǎn)位的n1個(gè)特征、任意兩個(gè)點(diǎn)位的距離、各個(gè)點(diǎn)位的能夠結(jié)合的鹽度和濕度輸入二級結(jié)構(gòu)模型,得到所述mRNA靶點(diǎn)序列對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)矩陣,所述二級結(jié)構(gòu)模型用于基于mRNA序列、mRNA序列中各個(gè)點(diǎn)位的n1個(gè)特征、任意兩個(gè)點(diǎn)位的距離、各個(gè)點(diǎn)位的能夠結(jié)合的鹽度和濕度確定所述mRNA序列對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)矩陣,所述二級結(jié)構(gòu)矩陣的每個(gè)元素表示對應(yīng)二級結(jié)構(gòu)的打開概率; 基于n2個(gè)選擇條件,得到n2個(gè)N×N的選擇條件矩陣,所述選擇條件矩陣的每個(gè)元素表示對應(yīng)二級結(jié)構(gòu)在對應(yīng)條件下的分值,N、n1、n2均為正整數(shù); 將所述n2個(gè)N×N的選擇條件矩陣降維處理成N×N的矩陣,并與N×N的所述二級結(jié)構(gòu)矩陣相加,得到N×N的路徑打分矩陣; 基于最優(yōu)路徑搜索算法從所述路徑打分矩陣中選取一個(gè)或多個(gè)最優(yōu)路徑,并基于所述最優(yōu)路徑確定所有候選靶標(biāo)序列; 所述方法還包括:按照如下方式確定訓(xùn)練集中涉及的mRNA序列對應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)矩陣: 獲取mRNA序列和新一代測序NGS數(shù)據(jù),所述mRNA序列的長度為N,所述NGS數(shù)據(jù)為1×N的序列矩陣,所述序列矩陣的每個(gè)元素對應(yīng)mRNA序列的一個(gè)位點(diǎn),所述序列矩陣的每個(gè)元素表示對應(yīng)的位點(diǎn)在NGS實(shí)驗(yàn)中被N20片段雜合的次數(shù); 基于所述mRNA序列生成n1×N的序列特征矩陣,所述序列特征矩陣的每一列元素對應(yīng)mRNA序列的一個(gè)位點(diǎn),所述序列特征矩陣的每一列元素表示對應(yīng)的位點(diǎn)的n1個(gè)特征; 將所述序列矩陣和所述序列特征矩陣進(jìn)行矩陣疊加,得到(n1+1)×N的一級結(jié)構(gòu)矩陣; 將所述一級結(jié)構(gòu)矩陣降維處理成1×N的矩陣,并對所述1×N的矩陣進(jìn)行對角化,得到N×N的二級結(jié)構(gòu)矩陣。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實(shí)施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人深圳市硬核酸生物科技有限公司,其通訊地址為:518000 廣東省深圳市南山區(qū)西麗街道松坪山社區(qū)朗山路13號南門西側(cè)清華信息港科研樓1210;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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