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龍圖騰網(wǎng)獲悉山東奔月生物科技股份有限公司申請的專利自動化分子對接及篩選分析方法獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán)，本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予，授權(quán)公告號為：CN120375912B 。

龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-09-16發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉：該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為：202510854524.5，技術(shù)領(lǐng)域涉及：G16B15/30；該發(fā)明授權(quán)自動化分子對接及篩選分析方法是由丁博青;顏富;高升;陳良設(shè)計研發(fā)完成，并于2025-06-25向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。

本自動化分子對接及篩選分析方法在說明書摘要公布了：本發(fā)明涉及分子對接技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及自動化分子對接及篩選分析方法，包括如下步驟：S1：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)對齊；S2：處理受體蛋白文件；S3：批量分子對接；S4：計算底物?催化位點的距離；S5：結(jié)合能與空間關(guān)系聯(lián)合篩選；S6：結(jié)果匯總與可視化。本發(fā)明能夠高效、準(zhǔn)確地完成大規(guī)模分子對接任務(wù)，為藥物設(shè)計、酶學(xué)研究等領(lǐng)域提供了強大的技術(shù)支持。

本發(fā)明授權(quán)自動化分子對接及篩選分析方法在權(quán)利要求書中公布了：1.一種自動化分子對接及篩選分析方法，其特征在于，包括如下步驟： S1：蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)對齊；批量對齊多個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，確保其與參考結(jié)構(gòu)在空間上的一致性； S2：處理受體蛋白文件；識別活性位點，自動生成對接網(wǎng)格，并優(yōu)化受體結(jié)構(gòu)；所述S2包括如下子步驟： S2-1：結(jié)合分子動力學(xué)預(yù)處理受體蛋白； S2-2：將對齊后的受體蛋白結(jié)構(gòu)從PDB格式轉(zhuǎn)換為分子對接所需的PDBQT格式，PDBQT文件的生成過程引入受體蛋白的柔性處理； S3：批量分子對接；進(jìn)行批量對接，自動提取配體結(jié)合構(gòu)象，自動生成蛋白-配體復(fù)合物，便于后續(xù)分析；所述S3包括如下子步驟： S3-1：生成動態(tài)網(wǎng)格，根據(jù)受體蛋白的結(jié)構(gòu)特征，計算網(wǎng)格的中心坐標(biāo)和大小； S3-2：計算網(wǎng)格大小，網(wǎng)格的大小根據(jù)活性位點原子的分布范圍計算，并添加邊界擴展值，以確保配體能夠完全覆蓋活性位點； S3-3：將參數(shù)模板化，通過配置文件實現(xiàn)參數(shù)模板化，只需修改模板文件即可批量應(yīng)用于多個對接任務(wù)； S3-4：設(shè)置多個對接模式，以探索配體與受體的多種結(jié)合構(gòu)象； S3-5：設(shè)置固定的隨機種子，確保每次運行的結(jié)果可重復(fù)； S3-6：為每個受體生成獨立的工作文件夾，并將結(jié)果匯總到統(tǒng)一的文件中，自動解析對接結(jié)果，生成可視化的報告； S4：計算底物-催化位點的距離；計算配體與催化位點關(guān)鍵殘基的幾何中心距離，篩選最優(yōu)結(jié)合模式； S5：結(jié)合能與空間關(guān)系聯(lián)合篩選；結(jié)合對接親和力和催化位點距離進(jìn)行自動篩選，去除非合理結(jié)合模式；所述S5包括如下子步驟： S5-1：結(jié)合能篩選，篩選出親合力排名靠前的20組蛋白質(zhì)序列； S5-2：底物-催化位點距離篩選；計算底物關(guān)鍵原子到催化位點的最近距離，篩選出距離排名靠前的20組蛋白質(zhì)序列； S5-3：基于篩選策略，篩選合格的蛋白-配體復(fù)合物； 所述S5-3中所述篩選策略如下： 若蛋白-配體復(fù)合物的蛋白質(zhì)與底物的親合力大于野生型的序列或者底物到活性位點的距離小于野生型的序列，保留，輸出篩選結(jié)構(gòu)，否則排除； S6：結(jié)果匯總與可視化；生成結(jié)合能分布圖、距離分布圖、計算時間對比圖，并導(dǎo)出篩選后的候選分子列表。

如需購買、轉(zhuǎn)讓、實施、許可或投資類似專利技術(shù)，可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)＠麢?quán)人山東奔月生物科技股份有限公司，其通訊地址為：257400 山東省東營市利津縣刁口鄉(xiāng)銀海三路15號；或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服，聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。