安徽大學孫戰里獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉安徽大學申請的專利基于深度學習和K-Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN117198391B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-09發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202311023243.2,技術領域涉及:G16B15/30;該發明授權基于深度學習和K-Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法是由孫戰里;勇雙豪;孫典正設計研發完成,并于2023-08-11向國家知識產權局提交的專利申請。
本基于深度學習和K-Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法在說明書摘要公布了:基于深度學習和K?Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法,屬于生物信息技術領域,解決在miRNA和LncRNA相互作用預測中的特征提取方法只能關注到原始的LncRNA和miRNA序列低維度的信息的問題;本發明將LncRNA和miRNA分別進行K?Square編碼之后融合形成二維特征矩陣,特征矩陣可以反映出兩種RNA的不同層級的Kmer之間的結合關系;神經網絡結構針對經典的殘差網絡架構進行改進,加入了LSTM模塊以及對由殘差模塊結構提取到的圖片特征信息進行TimeDistributed處理,將處理二維圖片的網絡和處理一維序列網絡結合在一起,充分地發掘原始序列的特征信息。
本發明授權基于深度學習和K-Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法在權利要求書中公布了:1.基于深度學習和K-Square編碼的植物miRNA和LncRNA相互作用預測方法,其特征在于,包括以下步驟: S1、采集不同物種植物的多條樣本作為訓練集、驗證集以及獨立測試集;所述樣本的信息包括為:miRNA名稱、LncRNA名稱、miRNA核苷酸序列、LncRNA核苷酸序列、miRNA二級分子結構、LncRNA二級分子結構; S2、首先將miRNA序列中的胞嘧啶U用胸腺嘧啶T來替換,然后分別針對miRNA序列以及miRNA二級分子結構進行K-Square編碼;同時分別針對LncRNA序列以及LncRNA二級分子結構進行K-Square編碼; 所述的K-Square編碼分為兩個步驟: S21、計算出每條RNA從1到K的Kmer向量,這條Kmer向量包括核苷酸序列的Kmer以及RNA二級結構的Kmer,然后將它們首尾相接形成的特征向量; S22、將得到的兩條分別屬于miRNA和LncRNA的特征序列進行融合,其中miRNA的特征序列做橫軸、LncRNA的特征序列做縱軸,形成一個K-Square編碼特征矩陣,K-Square編碼特征矩陣的每一個元素是對應特征向量當前位置元素的算數平均值; S3、將K-Square編碼特征矩陣轉換為圖片輸入神經網絡進行訓練。
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