宜明(蘇州)細胞生物科技有限公司;南京鴻明生物科技有限公司趙晟獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉宜明(蘇州)細胞生物科技有限公司;南京鴻明生物科技有限公司申請的專利一種三代測序的質控程序分析方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN119673294B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-23發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202510186878.7,技術領域涉及:G16B40/00;該發明授權一種三代測序的質控程序分析方法是由趙晟;劉玉蘭;李剛;孫秀蓮設計研發完成,并于2025-02-20向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種三代測序的質控程序分析方法在說明書摘要公布了:本發明提供了一種三代測序的質控程序分析方法,包括對抽提出的基因序列進行原始測序得到初始數據的POD5文本,然后將POD5文本轉化成FASTQ文件,并去除Adapter數據,然后進行質量評估,得到Reads數據;將Reads數據與理論長度的目標堿基序列進行比對分析,過濾雜質,最終得到可視化的檢測結果。本發明還提供一種基因的抽提方法,從原始數據獲取、預處理、質量評估、比對分析到最后的報告生成,形成了一個高度優化且可靠的生物信息學分析流程。
本發明授權一種三代測序的質控程序分析方法在權利要求書中公布了:1.一種rAAV三代測序的質控程序分析方法,其特征在于,所述方法包括以下步驟: S1a:對抽提出的基因序列進行原始測序得到初始數據的POD5文本,其中,所述基因序列的抽提包括: i:用蛋白酶K對rAAV純化病毒進行破殼,得到初始反應溶液; ii:對所述初始反應溶液進行堿變性,中和后使用DNA產物純化試劑盒進行純化,然后用無核酸酶水洗脫,得到變性的病毒基因組DNA; iii:對所述變性的病毒基因組DNA進行孵育和退火,最終形成雙鏈DNA,其中所述孵育和退火在45-70°C的溫度下進行1小時;并且,所述基因序列的抽提不包括使用SSC溶液; S2a:對所述初始數據進行預處理,使用Dorado將所述POD5文本轉化成FASTQ文件,并去除Adapter數據,得到第二數據; S3a:使用NanoPlot對所述第二數據進行質量評估,篩選Q值≥10的Reads數據; S4a:將所述Reads數據與理論長度的目標堿基序列通過Minimap2進行比對分析,得到第一統計結果; S5a:根據所述第一統計結果,對所述第二數據進行進一步篩選,過濾雜質,得到純凈的第三數據; 所述雜質為大于10000bp的長序列、低于500bp的短序列以及Q值小于10的序列; 所述純凈的第三數據為長度在500-10000bp以內且Q值大于或等于10的序列的數據 S6a:對所述純凈的第三數據進行序列長度分析和序列比對分析,得到檢測結果; S7a:對檢測結果去噪:所述去噪為通過設置陽性對照檢測噪音,然后參照所述陽性對照的所述噪音去除所述檢測結果的所述噪音,得到矯正結果,所述陽性對照為載體質粒酶切后得到的5'ITR-目標序列-3'ITR線性化片段,如SEQIDNO:2所示,且所述陽性對照與待測樣品在相同測序環境下處理; S8a:使用NanoPlot、Minimap2和Pysamstats三款工具組合對校正后的數據進行序列長度分布和突變頻率分析,輸出質控報告。
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