公安部第一研究所郭甜利獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉公安部第一研究所申請的專利一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN119832990B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-16發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202411876840.4,技術領域涉及:G16B40/00;該發明授權一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法是由郭甜利;管樺;榮海博;盧芮;張濤;王宇光;陳力設計研發完成,并于2024-12-19向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法在說明書摘要公布了:本發明公開了一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法,包括:數據準備、數據預處理、基因型組合生成、混合后的基因型頻率、定義目標函數和優化過程。本發明通過引入最小化目標函數的優化方法,可以在多基因型、多供體的復雜情況下精確估算每個供體的比例,而不需要依賴人工判讀或傳統的比對方法。另外,本發明通過創建所有可能的基因型組合并篩選符合條件的組合,確保了計算的高效性,并減少了無效組合對分析結果的影響。本發明不僅適用于簡單的二等位基因樣本,還能夠有效處理包含多個等位基因的復雜樣本,適用范圍更廣。本發明通過自動化計算和優化,避免了傳統方法中人工操作可能帶來的誤差,提高了結果的可重復性和可信度。
本發明授權一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法在權利要求書中公布了:1.一種利用SLSQP分析二混DNA的混合比例方法,其特征在于,包括如下步驟: S1、數據準備: 在獲得混合DNA樣本后,首先進行PCR擴增以放大目標基因區域或遺傳標記,確保得到足夠的DNA片段進行分析;擴增后的PCR產物通過遺傳分析儀進行分離,通過電泳分辨不同大小的DNA片段并檢測其熒光標記,從而獲得DNA片段大小和熒光強度信息,基于DNA片段大小和熒光強度信息進一步生成圖譜并進行基因型分析,得到每個位點的等位基因和峰高信息; S2、數據預處理: 首先,讀取CSV文件中的數據,并為每行數據提取其所有的等位基因及其對應的觀察峰高;然后,將每個位點中的每個等位基因的觀察峰高標準化為相對峰高; S3、基因型組合生成: 對于每個位點,從兩個個體的所有可能的基因型組合中挑選出包含相應位點所有等位基因的基因型組合作為相應位點的有效基因型組合; S4、計算每個有效基因型組合中每個個體的等位基因頻率: 對于每個位點上的每個有效基因型組合,計算每個個體的等位基因頻率矩陣,個體的等位基因頻率矩陣中包含相應位點上所有等位基因在該個體的基因型中出現的頻率; S5、定義目標函數: 對于每個位點的每個有效基因型組合,目標函數objective接收兩個個體的混合比例mix1和mix2以及兩個個體的等位基因頻率矩陣,計算得到各個有效基因型組合的混合后等位基因峰高,并返回各個有效基因型組合的混合后等位基因峰高與步驟S2中根據觀察峰高計算得到的相對峰高之間的誤差值; 在一個有效基因型組合中,設供者1的混合比例為mix1,其等位基因頻率矩陣為W,供者2的混合比例為mix2,其等位基因頻率矩陣為M,則在該有效基因型組合中,供者1和供者2的混合后等位基因峰高矩陣為: S=mix1×W+mix2×M 混合后等位基因峰高矩陣S的每個元素分別為相應位點的每個等位基因在相應有效基因型組合中的混合后等位基因峰高; S6、優化過程: 對于每個位點,分別使用最小化優化函數,基于初始的混合比例猜測和約束條件,對目標函數進行優化,返回每個位點的最優的混合比例best_mix; S7、輸出結果分析: 對于每個位點,對步驟S6所得到的優化結果按照對應的目標函數值從小到大排列,選出最優的基因型組合及其混合比例。
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