中國水產科學研究院黃海水產研究所劉璐獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉中國水產科學研究院黃海水產研究所申請的專利一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN120026092B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-16發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202510501410.2,技術領域涉及:C12Q1/6806;該發明授權一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法是由劉璐;王新良;應一平;樊鋼洲;牟秀霞;羅培銣;王俊方設計研發完成,并于2025-04-21向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法在說明書摘要公布了:本發明涉及海洋生物學技術領域,具體涉及一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法,包括以下步驟:通過在低溫環境下解剖南極磷蝦并采用核酸提取試劑盒獲取總DNA和總RNA,結合特異性引物設計實現目標基因擴增;隨后進行條形碼標記和高通量測序文庫構建,以IlluminaNovaSeq平臺進行雙端測序并完成數據質控和去冗余處理,得到高質量序列數據,基于多級序列比對和最低共同祖先算法進行精確物種鑒定,并運用系統發育樹及網絡分析方法解析南極磷蝦攝食殘留物的多樣性與營養級分布,通過環境DNA比對進一步溯源食物來源,本發明,可大幅提升物種鑒定的精度和范圍,對于理解南極生態系統的能量流動與營養級結構具有重要意義。
本發明授權一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法在權利要求書中公布了:1.一種利用分子測序技術分析南極磷蝦胃腸道食物殘留物的方法,其特征在于,包括以下步驟: S1,樣本采集與保存:從目標海域捕獲南極磷蝦個體,在低溫環境下快速解剖,采集胃腸道內容物,并采用無核酸污染的保存試劑進行固定,所述S1包括: S11,活體捕獲與預處理:在南極目標海域采用浮游生物網垂直拖網捕獲南極磷蝦活體樣本,轉移至預冷的保溫箱中,運輸至甲板實驗室; S12,低溫解剖環境構建:在潔凈度等級ISO5級的超凈工作臺內鋪設無菌冰床,并持續通入液氮蒸汽維持操作區域低溫環境; S13,無菌解剖操作:使用經滅活處理的鈦質解剖工具,沿南極磷蝦背側中線剖開頭胸甲,完整剝離胃腸道組織并置于預冷的無菌培養皿中; S14,保存試劑滲透處理:將所述胃腸道組織浸入預冷的保存液中,并在震蕩條件下使胃腸道內容物充分釋放,得到胃腸道混合懸液; S15,固液分離與分裝:將獲得的胃腸道混合懸液通過尼龍濾膜過濾,獲得過濾液,將所述過濾液分裝至凍存管中,獲取分裝濾液樣本; S16,梯度冷凍保存:將所述分裝濾液樣本依次置于-20℃環境中保存2小時,再轉移至-80℃環境中保存12小時,最終置于液氮氣相中進行長期存儲; S17,元數據關聯記錄:采用二維碼標簽標記完成梯度冷凍保存的凍存管,并將樣本采集位置、海水溫度及磷蝦體長信息寫入區塊鏈存證系統; S2,核酸提取與質量檢測:利用核酸提取試劑盒從所述胃腸道內容物中提取總DNA和總RNA,并采用熒光定量法及凝膠電泳法檢測所述總DNA和總RNA的純度及完整性; S3,PCR擴增與測序文庫構建:基于食物源的已知分類信息,設計特異性引物對所述總DNA和總RNA進行PCR擴增,以獲得擴增序列,所述擴增序列包括細胞核基因和線粒體基因的目標區域; 在所述擴增序列中加入條形碼標記以區分不同樣本,并采用測序文庫構建試劑對所述擴增序列進行適配子連接和片段化處理,構建高通量測序文庫,并通過片段質量評估確保所述高通量測序文庫的均一性; S4,高通量測序與數據質控:利用IlluminaNovaSeq高通量測序平臺對所述高通量測序文庫進行雙端測序,以獲得覆蓋目標基因區域的測序數據; 對所述測序數據進行質控,包括去除低質量序列及適配子污染序列,并對質控后的測序數據進行去冗余處理,以獲得有效測序數據; S5,序列比對與物種注釋:采用比對工具和數據庫對所述有效測序數據進行物種鑒定,并基于分類樹分析構建胃腸道食物殘留物的物種組成數據; 所述S5包括: S51,多級序列比對:將輸出的有效測序數據與南極靶標基因庫進行BLAST比對; S52,LCA分類分配:使用MEGAN6的最低共同祖先算法分配物種分類; S53,分類樹構建:基于比對結果,采用RAxML構建最大似然系統發育樹; S54,物種組成數據生成:整合分類結果與系統發育樹拓撲結構,按分類層級統計Reads豐度,生成南極磷蝦食物殘留物物種組成矩陣; 基于所述物種組成數據,結合南極生態系統食物網模型,利用網絡分析方法解析胃腸道食物殘留物的營養級分布及食物來源多樣性; S6,食物來源溯源:通過環境DNA比對分析,驗證所述胃腸道食物殘留物的物種組成數據的來源,并評估特定食物種群的生態貢獻; 所述S6包括: S61,環境DNA序列匹配:將獲得的有效測序數據與南極環境DNA污染數據庫及生成的物種組成矩陣進行交叉比對; S62,地理溯源分析:基于S17區塊鏈存證的采集位置信息,從SCAR-MarBIN地理數據庫中提取對應海域的環境DNA參考數據,構建南極區域性環境DNA溯源數據庫; S63,生態貢獻度量化:采用線性混合模型評估目標食物種群的相對貢獻率。
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