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龍圖騰網獲悉電子科技大學長三角研究院(衢州)申請的專利一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的transformer模型獲國家發明授權專利權，本發明授權專利權由國家知識產權局授予，授權公告號為：CN120183487B 。

龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-12發布的發明授權授權公告中獲悉：該發明授權的專利申請號/專利號為：202510655862.6，技術領域涉及：G16B15/30；該發明授權一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的transformer模型是由劉利;劉晨陽;鄒權;林昊設計研發完成，并于2025-05-21向國家知識產權局提交的專利申請。

本一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的transformer模型在說明書摘要公布了：本發明提供了一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子?啟動子相互作用的transformer模型，它解決了現有的增強子?啟動子相互作用預測方法可解釋性有限等問題，其包括輸入層，輸入層通過卷積特征提取模塊與正余弦位置編碼模塊連接，正余弦位置編碼模塊通過交叉注意力編碼器層和多層前饋網絡模塊連接。本發明具有可解釋性好、預測精度高等優點。

本發明授權一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的transformer模型在權利要求書中公布了：1.一種基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的預測方法，采用了基于轉錄因子交叉注意力預測增強子-啟動子相互作用的transformer模型，其中transformer模型包括輸入層，所述的輸入層通過卷積特征提取模塊與正余弦位置編碼模塊連接，所述的正余弦位置編碼模塊通過交叉注意力編碼器層和多層前饋網絡模塊連接，其特征在于，包括如下步驟： S1：數據獲取與預處理，構建增強子和啟動子互作預測的數據基礎； S11：下載GM12878和K562細胞系的26個關鍵轉錄因子的ChIP-seq數據； S12：獲取增強子和啟動子配對信息的文件、轉錄起始位點信息的文件以及GM12878和K562細胞類型的訓練集文件； S2：增強子與啟動子區域標準化，統一區域定義和坐標處理； S21：增強子處理，以增強子中心點向兩側擴展3kb，生成6kb標準化區域； S22：啟動子處理，整合轉錄起始位點信息，定義轉錄因子位點±2.5kb為啟動子區域； S23：數據篩選，保留在增強子-啟動子配對區域內strand信息匹配的有效樣本，去除多對多匹配和無strand匹配的樣本； S3：關鍵轉錄因子特征編碼與輸入張量生成，將關鍵轉錄因子結合信息轉化為結構化輸入； S31：對轉錄因子的ChIP-seq文件進行解析，提取轉錄因子的結合峰頂點位置以及結合強度； S32：為每個轉錄因子分配唯一字符編碼，構建統一的編碼字典并存儲為JSON文件； S33：對每個增強子或啟動子區域，在其坐標范圍內提取所有與之重合的轉錄因子結合位點，按位置順序生成轉錄因子編碼序列并記錄對應的結合強度數值列表，若為負鏈啟動子，則將其序列反向處理； S34：對轉錄因子序列進行one-hot編碼，并額外增加一列來表示該位置轉錄因子的結合強度，生成張量表示； S35：對增強子與啟動子序列分別設定最大長度，對不足部分以零向量填充，超長則截斷，輸出標準化模型輸入張量； S4：模型架構設計，構建融合局部特征與全局交互的transformer模型； S5：模型訓練與評估，優化測量與魯棒性驗證； S6：利用transformer模型內部的跨注意力機制，對增強子與啟動子區域的轉錄因子相互作用進行可解釋性分析。

如需購買、轉讓、實施、許可或投資類似專利技術，可聯系本專利的申請人或專利權人電子科技大學長三角研究院(衢州)，其通訊地址為：324003 浙江省衢州市柯城區成電路1號；或者聯系龍圖騰網官方客服，聯系龍圖騰網可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網”。