武漢理工大學文江輝獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉武漢理工大學申請的專利一種微生物群落聚類的分析方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN116992314B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-05發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202310802927.6,技術領域涉及:G06F18/232;該發明授權一種微生物群落聚類的分析方法是由文江輝;劉一辰;鄧兵設計研發完成,并于2023-07-03向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種微生物群落聚類的分析方法在說明書摘要公布了:本發明涉及農業環境領域,尤其涉及一種微生物群落聚類的分析方法。本發明的微生物群落聚類的分析方法,包括步驟:首先,根據微生物群落中不同個體隨時間變化的絕對豐度,計算個體的相對變化率描述微生物的生長趨勢變化;其次,考慮不同個體之間生長趨勢的相似性,計算相對變化率的相關系數,基于相對變化率的相關系數構造相似度矩陣,最后,根據得到的相似度矩陣進行親和傳播聚類分析從而得到聚類中心。基于相對變化率相關系數構造相似度矩陣,采用親和傳播聚類計算聚類中心,同時考慮了個體之間競爭和共生的關系,能夠得到針對微生物群落關系研究的更加有效的聚類中心及聚類簇。
本發明授權一種微生物群落聚類的分析方法在權利要求書中公布了:1.一種微生物群落聚類的分析方法,其特征在于,包括步驟: 1在目標生物環境中,按照培養時間順序收集微生物樣品; 根據微生物生長特征時期篩選微生物樣品以獲得供研究用的微生物分析樣品; 2基于高通量測序技術獲得每個微生物分析樣品中各個微生物的絕對豐度數據; 3基于絕對豐度數據,按公式1計算微生物的相對變化率: xik為第i種微生物在第k次采樣的絕對豐度,vik為第i種微生物在第k次采樣時的相對變化率;其中minxik,xik-1表示xik與xik-1中的最小值; 4根據微生物的相對變化率,按公式2計算相對變化率的相關系數: 其中corrij表示第i種微生物與第j種微生物的相對變化率的相關系數,Covxi,xj表示第i種微生物與第j種微生物的相對變化率的協方差;Varxi表示第i種微生物的相對變化率的方差、Varxj表示第j種微生物的相對變化率的方差; 5構建相似度矩陣: 基于相對變化率的相關系數,如公式3計算第i種微生物與第j種微生物的競爭相似度sij,所有個體與自身的競爭相似度采用其余相似度的中值替代,最終得到屬水平下微生物群落的相似度矩陣; 6獲得親和傳播聚類圖: 基于相似度矩陣,采用親和傳播聚類分析方法獲得聚類中心,將具有相同聚類中心的個體匯聚為一類簇,根據聚類中心和聚類簇數據繪制親和傳播聚類圖。
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