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龍圖騰網(wǎng)獲悉浙江大學(xué)申請(qǐng)的專利一種奶山羊產(chǎn)奶性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法及其應(yīng)用獲國(guó)家發(fā)明授權(quán)專利權(quán)，本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局授予，授權(quán)公告號(hào)為：CN117316276B 。

龍圖騰網(wǎng)通過(guò)國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-08-26發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉：該發(fā)明授權(quán)的專利申請(qǐng)?zhí)?專利號(hào)為：202311404952.5，技術(shù)領(lǐng)域涉及：G16B20/30；該發(fā)明授權(quán)一種奶山羊產(chǎn)奶性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法及其應(yīng)用是由石恒波;張凱;馮弈方;劉建新設(shè)計(jì)研發(fā)完成，并于2023-10-27向國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請(qǐng)。

本一種奶山羊產(chǎn)奶性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法及其應(yīng)用在說(shuō)明書(shū)摘要公布了：本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體公開(kāi)了一種奶山羊產(chǎn)奶相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析方法及其應(yīng)用。在兩個(gè)西農(nóng)薩能奶山羊群體中隨機(jī)選擇330只母羊作為全基因組關(guān)聯(lián)分析的實(shí)驗(yàn)對(duì)象，收集其相關(guān)的產(chǎn)奶量、乳成分、乳房表型等性狀，在泌乳期間進(jìn)行血樣采集，提取基因組DNA，經(jīng)過(guò)檢測(cè)所提取到的基因組DNA完整性、純度及濃度，最終合格樣品有298只進(jìn)行重測(cè)序，然后對(duì)西農(nóng)薩能奶山羊生產(chǎn)相關(guān)性狀的7項(xiàng)指標(biāo)進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選候選基因，為今后優(yōu)質(zhì)奶山羊新品種選育提供理論支撐。

本發(fā)明授權(quán)一種奶山羊產(chǎn)奶性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法及其應(yīng)用在權(quán)利要求書(shū)中公布了：1.一種奶山羊產(chǎn)奶性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析方法，其特征在于，包括以下步驟： 步驟1、實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的養(yǎng)殖和挑選 將奶山羊進(jìn)行常規(guī)舍飼，從泌乳期9-10個(gè)月的奶山羊群體中隨機(jī)挑選若干只作為全基因組重測(cè)序的實(shí)驗(yàn)對(duì)象； 步驟2、樣品采集及處理 包括羊血和羊乳采集： 選擇在泌乳期間用EDTA-k2抗凝管進(jìn)行采血,采完血之后需將抗凝管緩慢上下顛倒混勻，使血液與抗凝劑充分混合，并將采完血的抗凝管置于含有冰袋的保溫箱內(nèi)，運(yùn)至實(shí)驗(yàn)室后，放于-80℃冰箱儲(chǔ)存?zhèn)溆茫?羊乳的采集選擇在泌乳期間用提前放好防腐劑的離心管收集，并搖勻混合，采集完成后將離心管置于含有冰袋的保溫箱內(nèi)，運(yùn)至檢測(cè)中心； 步驟3、產(chǎn)奶相關(guān)數(shù)據(jù)收集及乳房表型測(cè)定 收集的數(shù)據(jù)包括產(chǎn)奶量、乳成分、乳房寬度和乳房深度這兩個(gè)表型；其中乳成分測(cè)定從泌乳開(kāi)始后每月測(cè)定一次；產(chǎn)奶量從泌乳開(kāi)始逐天記錄；乳房表型利用imageJ軟件對(duì)后軀照片進(jìn)行測(cè)量； 步驟4、基因組DNA的提取及檢測(cè) 基因組DNA的提取采用十六烷基三甲基溴化銨法，按照常規(guī)提取步驟提取基因組DNA，提取到的基因組DNA進(jìn)行完整性、純度及濃度的檢測(cè)，符合要求的保留，不符合要求的淘汰或進(jìn)行重新提取再檢測(cè)； 步驟5、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控及與參考基因組比對(duì)統(tǒng)計(jì) 實(shí)驗(yàn)按照Illumina公司提供的標(biāo)準(zhǔn)protocol執(zhí)行，對(duì)檢測(cè)合格的基因組DNA樣品，通過(guò)凝膠電泳的方法選擇合適的大小片段，然后通過(guò)PCR擴(kuò)增建庫(kù)，再對(duì)建好的文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)，合格的文庫(kù)再用Illumina測(cè)序； 步驟6、數(shù)據(jù)處理和統(tǒng)計(jì)分析 1產(chǎn)奶相關(guān)性狀描述性統(tǒng)計(jì)分析 產(chǎn)奶相關(guān)性狀的描述性統(tǒng)計(jì)分析通過(guò)IBMSPssStatistics21.0軟件中分析-描述統(tǒng)計(jì)分析獲得，分析的生產(chǎn)性狀指標(biāo)包括：產(chǎn)奶量、乳糖、乳脂、乳蛋白、乳房寬度、乳房深度、乳房底平面長(zhǎng)度； 分析的結(jié)果為樣本數(shù)、平均數(shù)、方差、標(biāo)準(zhǔn)差及變異系數(shù)； 2全基因組關(guān)聯(lián)分析 測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控和填充之后，使用GMAT軟件進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，挖掘出與薩能奶山羊產(chǎn)奶性能相關(guān)的SNPs： y＝Xβ+Zkγk+ξ+p+e1 公式中，y為表型向量，Xβ為群體結(jié)構(gòu)效應(yīng)和場(chǎng)、胎次固定效應(yīng)，Zkγk為待檢驗(yàn)標(biāo)記效應(yīng)，ξ～N0,Kφ2為多基因效應(yīng)，p～N0,Iσp2為系統(tǒng)環(huán)境效應(yīng),e～N0,Iσ2為殘差效應(yīng)；多基因效應(yīng)中的K為標(biāo)記推斷的親緣關(guān)系矩陣； 3群體分層 對(duì)奶山羊生產(chǎn)相關(guān)性狀指標(biāo)繪制Q-Q圖，來(lái)判斷關(guān)聯(lián)分析中是否出現(xiàn)偏差和樣本群體分層現(xiàn)象； 4顯著SNPs基因注釋 在獲得全基因組關(guān)聯(lián)分析的顯著SNPs位點(diǎn)后，下載該位點(diǎn)上下游100kb的堿基序列，通過(guò)NCBI和Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列比對(duì)，確定顯著SNPs位點(diǎn)附近的基因，并篩選出與該位點(diǎn)距離最近的基因。

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