華中農業大學李林獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉華中農業大學申請的專利QTL樣本處理、模型訓練、識別方法、裝置及設備獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115273973B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-09發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202210790511.2,技術領域涉及:G16B20/20;該發明授權QTL樣本處理、模型訓練、識別方法、裝置及設備是由李林;李昭;陳曉軒;李偉夫;陳洪設計研發完成,并于2022-07-06向國家知識產權局提交的專利申請。
本QTL樣本處理、模型訓練、識別方法、裝置及設備在說明書摘要公布了:本申請涉及QTL識別技術領域,尤其涉及QTL樣本處理、模型訓練、識別方法、裝置及設備。該QTL樣本處理方法,通過QTL定位群體按照目標性狀表型排序構建的DNA混池,進行測序和鑒定,獲取其中的SNP數據及樣本標記,依次訓練RU?net模型,得到QTL識別模型。該識別模型對玉米株高QTL、水稻株高QTL、水稻開花期QTL、武昌魚肌間刺QTL等等能夠有效識別,并且識別的結果相對于ΔSNP?index、ED4、G’、SmoothLOD和Ridit算法具有更低的偏差和信噪比,能夠有效識別和識別表型解釋率低至5%的微效位點。
本發明授權QTL樣本處理、模型訓練、識別方法、裝置及設備在權利要求書中公布了:1.一種應用于QTL識別模型的訓練方法,其包括: 獲取訓練集,訓練集包括按照樣本處理方法得到的多個訓練樣本,每一所述訓練樣本包括SNP數據和SNP數據的樣本標記,所述SNP數據為QTL定位群體混池樣本測序得到SNP數據; 將所述樣本標記構成的二維張量作為輸入層輸入至殘差U-net模型中,采用反向傳播算法和隨機梯度下降方法,根據前向傳播的loss值的大小,來進行反向傳播迭代更新每一層的權重,直到模型的loss值趨向于收斂時,停止訓練,得到QTL識別模型; 所述樣本處理方法,其包括: 構建QTL定位群體; 根據所述QTL定位群體的表型對所述定位群體中的個體進行排序和分組,以得到多個排序的組別; 將每個組別內的個體DNA樣本混合得到多個排序的DNA混池; 對多個所述DNA混池分別進行片段化、測序、SNP鑒定和計算,獲得多個混池的SNP數據; 分別標記所述SNP數據,以獲得所述SNP數據及其樣本標記,以作為所述QTL識別模型訓練的樣本; 所述SNP數據包括SNP位置信息和SNP頻率信息,所述SNP頻率為其在每一個DNA混池片段出現的頻率,標記所述SNP數據的方法包括: 將在多個排序的DNA混池內SNP頻率連續遞增或連續遞減的SNP數據標記為1,否則標記為0; 所述的樣本處理方法,還包括對所述SNP數據進行過濾的步驟,用于去除低質量SNP位點;所述低質量SNP位點具有以下至少一項特征: 對應的DNA混池測序的read數低于閾值; 所述DNA混池中的SNP頻率同向顯著偏離0.5;和 某一SNP位點與相鄰的SNP之間的等位基因頻率差值大于0.1。
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