深圳華大醫學檢驗實驗室楊姣博獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉深圳華大醫學檢驗實驗室申請的專利高通量測序背景下的基因數據壓縮方法、裝置及相關設備獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115312129B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-05發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202211019500.0,技術領域涉及:G16B50/50;該發明授權高通量測序背景下的基因數據壓縮方法、裝置及相關設備是由楊姣博;張優勁;林培鑫;劉朝熙;賀增泉;晉向前設計研發完成,并于2022-08-24向國家知識產權局提交的專利申請。
本高通量測序背景下的基因數據壓縮方法、裝置及相關設備在說明書摘要公布了:本申請公開了一種高通量測序背景下的基因數據壓縮方法、裝置及相關設備,該方法包括:獲取待壓縮的基因數據,并從所述基因數據中獲取各短序列的元數據、堿基數據和質量數據;采用增量編碼技術或游程長度編碼技術對各短序列的元數據進行壓縮;利用預設的參考基因組對各短序列的堿基數據進行比對,并根據比對結果對各短序列的堿基數據進行壓縮;結合游程長度編碼技術、上下文統計模型、ANS+FSE編碼技術、算術編碼技術和或哈夫曼編碼技術對各短序列的質量數據進行壓縮。本申請通過針對基于數據中的不同部分,分別采用與之相適配的壓縮方法進行壓縮,可以提高壓縮率,從而節省海量基因數據的存儲空間。
本發明授權高通量測序背景下的基因數據壓縮方法、裝置及相關設備在權利要求書中公布了:1.一種高通量測序背景下的基因數據壓縮方法,其特征在于,包括: 獲取待壓縮的基因數據,并從所述基因數據中獲取各短序列的元數據、堿基數據和質量數據; 采用增量編碼技術或游程長度編碼技術對各短序列的元數據進行壓縮,得到第一壓縮結果; 利用預設的參考基因組對各短序列的堿基數據進行比對,并根據比對結果對各短序列的堿基數據進行壓縮,得到第二壓縮結果; 結合游程長度編碼技術、上下文統計模型、ANS+FSE編碼技術、算術編碼技術和或哈夫曼編碼技術對各短序列的質量數據進行壓縮,得到第三壓縮結果; 所述利用預設的參考基因組對各短序列的堿基數據進行比對,并根據比對結果對所述堿基數據進行壓縮的過程,包括: 將每一短序列中的堿基數據劃分成多個子序列; 采用哈希比對方法將每一子序列與預設的參考基因組進行比對,得到每一子序列的匹配信息,所述匹配信息包括錯配值; 對于錯配值小于或等于預設閾值的子序列,基于所述子序列的匹配信息,對所述子序列進行壓縮; 對于錯配值大于預設閾值的子序列,結合游程長度編碼技術、上下文統計模型、ANS+FSE編碼技術、算術編碼技術和或哈夫曼編碼技術對所述子序列進行壓縮; 所述匹配信息包括所述子序列對應于所述參考基因組的位置信息;所述對于錯配值小于或等于預設閾值的子序列,基于所述子序列的匹配信息,對所述子序列進行壓縮的過程,包括: 基于所述位置信息和所述錯配值,對所述子序列進行排序,得到排序后的子序列; 基于所述子序列的位置信息,對所述排序后的子序列進行增量編碼壓縮。
如需購買、轉讓、實施、許可或投資類似專利技術,可聯系本專利的申請人或專利權人深圳華大醫學檢驗實驗室,其通訊地址為:518000 廣東省深圳市鹽田區鹽田街道北山工業區11棟1、3、4、5樓;或者聯系龍圖騰網官方客服,聯系龍圖騰網可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網”。
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