廈門驍科碼生物科技有限公司劉劍飛獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉廈門驍科碼生物科技有限公司申請的專利一種熒光原位雜交細胞核分割方法及系統獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN112070722B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-12發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202010815601.3,技術領域涉及:G06T7/00;該發明授權一種熒光原位雜交細胞核分割方法及系統是由劉劍飛設計研發完成,并于2020-08-14向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種熒光原位雜交細胞核分割方法及系統在說明書摘要公布了:本發明公開了一種熒光原位雜交細胞核分割方法及系統。本發明采用訓練后的linknet網絡對熒光原位雜交細胞圖像進行分割,來提取高層的語義特征使其抽象化,并在解碼器恢復特征圖分辨率時融合對應的淺層信息來捕捉細節特征,以便于更好地提取需要的目標細胞前景,通過訓練后的U?net網絡來獲取細胞中心點,將細胞中心點集成到分水嶺算法對黏連區域進行二次分割,解決細胞之間相互粘連的問題,提高細胞分割的準確性。
本發明授權一種熒光原位雜交細胞核分割方法及系統在權利要求書中公布了:1.一種熒光原位雜交細胞核分割方法,其特征在于,所述分割方法包括如下步驟: 利用訓練后的linknet網絡對熒光原位雜交細胞圖像進行分割,獲得分割后的熒光原位雜交細胞圖像; 利用訓練后的U-net網絡對分割后的熒光原位雜交細胞圖像進行細胞中心點識別,獲得細胞中心點概率圖; 根據所述分割后的熒光原位雜交細胞圖像和所述細胞中心點概率圖,確定分割后的熒光原位雜交細胞圖像中細胞中心點的數量大于1的獨立區域為黏連區域; 根據黏連區域在細胞中心點概率圖中的細胞中心點的數量和分布,采用分水嶺算法對黏連區域進行二次分割; U-net網絡呈現出一種編碼-解碼的拓撲形式,在編碼的過程中,通過重復利用卷積操作,并且在每個卷積操作的后面將會伴隨著非線性單元以及批量歸一化操作,當進行最大池化的時候,特征圖通道的數量將會成倍地增長,這是由于特征圖的尺寸大小減小,增加卷積通道數以有效地減輕信息的丟失;而在U-Net的解碼階段看做是一個形狀生成器,它的作用是用來恢復出需要的目標細胞中心點區域,并且在解碼階段,利用一種可學習的卷積去上采樣前一層的特征層圖,其輸出是一張放大且密集的激活圖,同時,為了定位細胞中心點的位置,U-net網絡在恢復特征圖尺寸的時候,通過結合在編碼階段的高分辨率特征圖來獲取底層信息中的細節信息,隨后在利用卷積使得基于該信息的輸出特征結果精細化,網絡的最終輸出是與輸入圖像大小相同的概率圖,表示每個像素屬于細胞中心點的概率;在每個激活函數之后執行批量標準化,通過將每個層的輸入分布歸一化為標準高斯分布來減少內部協變量偏移; 訓練后的linknet網絡包括:編碼器和解碼器; 所述編碼器包括兩個卷積層、三個殘差模塊,兩個所述卷積層分別為第一卷積層和第二卷積層,三個所述殘差模塊分別為第一殘差模塊、第二殘差模塊和第三殘差模塊,所述第一卷積層、所述第二卷積層、所述第一殘差模塊、所述第二殘差模塊和所述第三殘差模塊依次連接; 所述解碼器包括三個上采樣模塊和三個卷積層,三個所述上采樣模塊分別為第一上采樣模塊、第二上采樣模塊和第三上采樣模塊,三個所述卷積層分別包括第三卷積層、第四卷積層和第五卷積層; 所述第一上采樣模塊的輸入端與所述第三殘差模塊的輸出端連接,所述第一上采樣模塊的輸出端與所述第二上采樣模塊的第一輸入端連接,所述第一上采樣模塊用于對所述第三殘差模塊的輸出圖像進行卷積操作;所述第二上采樣模塊的第二輸入端與所述第二殘差模塊的輸出端連接,所述第二上采樣模塊的輸出端與所述第三上采樣模塊的第一輸入端連接,所述第二上采樣模塊用于對所述第二殘差模塊的輸出圖像和所述第一上采樣模塊的輸出圖像進行相加操作后,對相加操作結果進行卷積操作;所述第三上采樣模塊的第二輸入端與所述第一殘差模塊的輸出端連接,所述第三上采樣模塊的輸出端與所述第三卷積層的輸入端連接,所述第三上采樣模塊用于對所述第一殘差模塊的輸出圖像和所述第二上采樣模塊的輸出圖像進行相加操作后,對相加操作結果進行卷積操作;所述第三卷積層的輸出端與所述第四卷積層的輸入端連接,所述第四卷積層的輸出端與所述第五卷積層的輸入端連接; 所述殘差模塊包括第六卷積層、第七卷積層和加法器; 所述第六卷積層的輸出端與所述第七卷積層的輸入端連接,所述第七卷積層的輸出端與所述加法器的第一輸入端連接,所述第六卷積層的輸入端與所述加法器的第二輸入端連接,所述第六卷積層的輸入端作為所述殘差模塊的輸入端,所述加法器的輸出端作為所述殘差模塊的輸出端。
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