中國水產科學研究院張錦獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉中國水產科學研究院申請的專利一種單SNP和多SNP標記組合在7個草魚地理群體鑒定中的應用獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN119464506B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-02發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202411591700.2,技術領域涉及:C12Q1/6888;該發明授權一種單SNP和多SNP標記組合在7個草魚地理群體鑒定中的應用是由張錦;李炯棠;王琦;張研;曹逸銘;趙然;侯明喜;陳穎杰;王開闊;丁寧;齊英杰設計研發完成,并于2024-11-08向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種單SNP和多SNP標記組合在7個草魚地理群體鑒定中的應用在說明書摘要公布了:本申請涉及草魚地理群體鑒定的技術領域,具體涉及一種單SNP和多SNP標記組合在7個草魚地理群體鑒定中的應用。本申請利用草魚的SNP位點基因型與其地理信息進行關聯,通過SNP位點基因型判斷其地理信息,確定其地理群體。本申請提供的方法能夠準確高效地鑒定7個草魚地理種群。本申請提供的方法為草魚地理種群權認定、種質資源保護與利用、遺傳進化研究等需求提供新的草魚新種質鑒定技術手段。
本發明授權一種單SNP和多SNP標記組合在7個草魚地理群體鑒定中的應用在權利要求書中公布了:1.鑒定草魚地理群體的方法,包括: 獲得待測草魚樣本于第一SNP位點的基因型; 若檢測到所述待測草魚樣本于1號染色體17682028nt位置為AA基因型,所述待測草魚樣本為第一群體; 若檢測到所述待測草魚樣本于1號染色體17682028nt位置為AT基因型,則所述待測草魚樣本屬于第二群體; 獲得待測草魚樣本的第二SNP位點組合的基因型及第三SNP位點組合的基因型; 根據所述第二SNP位點組合的基因型從所述第一群體中鑒定華北群體、淮河群體、長江上游群體,根據所述第三SNP位點組合的基因型從所述第二群體中鑒定湘江群體、長江中游群體、長江下游群體、珠江群體; 其中,所述第一SNP位點為草魚基因組的1號染色體的17682028nt位置發現AT形成的單核苷酸突變,所述第二SNP位點組合中的SNP位點如表1所示,所述第三SNP位點組合如表2所示; “根據所述第二SNP位點組合的基因型從所述第一群體中鑒定華北群體、淮河群體、長江上游群體”包括: 獲得所述第一群體的第一訓練集,所述第一訓練集包括多個來自于所述第一群體的草魚樣本的第二SNP位點組合的基因型信息及第一地理編碼值; 從所述第一訓練集中進行有放回地均勻抽樣構建多個第一子數據集,并為每一所述第一子數據集配置一決策樹,并由所述決策樹構建隨機森林學習模型; 獲取每一所述第一子數據集的第二SNP位點組合的基因型信息和第一地理編碼值對隨機森林學習模型進行訓練,以獲得每個所述決策樹的多個特征分裂的最佳分裂點,得到訓練的隨機森林學習模型; 獲得所述待測草魚樣本的第二SNP位點組合的基因型信息; 將所述第二SNP位點組合的基因型信息輸入至訓練的隨機森林學習模型,獲取所述待測草魚樣本的第一預測值; 根據所述第一預測值鑒定所述待測草魚樣本于所述第一群體中的地理信息; “根據所述第三SNP位點組合的基因型從所述第二群體中鑒定湘江群體、長江中游群體、長江下游群體、珠江群體”具體包括: 獲得所述第二群體的第二訓練集,所述第二訓練集包括多個來自于所述第二群體的草魚樣本的第三SNP位點組合的基因型信息及第二地理編碼值; 從所述第二訓練集中進行有放回地均勻抽樣構建多個第二子數據集,并為每一所述第二子數據集配置一決策樹,并由所述決策樹構建隨機森林學習模型; 獲取每一所述第二子數據集的第三SNP位點組合的基因型信息和第二地理編碼值對隨機森林學習模型進行訓練,以獲得每個所述決策樹的多個特征分裂的最佳分裂點,得到訓練的隨機森林學習模型; 獲得所述待測草魚樣本的第三SNP位點組合的基因型信息; 將所述第三SNP位點組合的基因型信息輸入至訓練的隨機森林學習模型,獲取所述待測草魚樣本的第二預測值; 根據所述第二預測值鑒定所述待測草魚樣本于所述第二群體中的地理信息。
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