首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院;深圳華大生命科學(xué)研究院李建康獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)獲悉首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院;深圳華大生命科學(xué)研究院申請的專利一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)及產(chǎn)品獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN118629496B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-08-22發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202410757021.1,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16B20/30;該發(fā)明授權(quán)一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)及產(chǎn)品是由李建康;劉海龍;陳璇;姜濤;韓洞明;王子瑋;李梅鈺;金鑫設(shè)計研發(fā)完成,并于2024-06-12向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)及產(chǎn)品在說明書摘要公布了:本發(fā)明公開一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)及產(chǎn)品,涉及髓母細(xì)胞瘤分型領(lǐng)域,方法包括獲取全基因組測序數(shù)據(jù);全基因組測序數(shù)據(jù)包括:正常小腦組織全基因組測序數(shù)據(jù)和髓母細(xì)胞瘤患者腫瘤組織的全基因組測序數(shù)據(jù);對全基因組測序數(shù)據(jù)的全基因組胞嘧啶報告文件進(jìn)行差異甲基化區(qū)域DMR分析;對DMR分析結(jié)果進(jìn)行篩選、主成分分析以及t?SNE分析;對t?SNE結(jié)果矩陣采用kmeans聚類方法進(jìn)行聚類;根據(jù)聚類結(jié)果,采用拷貝數(shù)變異CNV進(jìn)行注釋,得到髓母細(xì)胞瘤患者的分子分型結(jié)果。本發(fā)明能夠?qū)λ枘讣?xì)胞瘤患者進(jìn)行精準(zhǔn)分型。
本發(fā)明授權(quán)一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法、設(shè)備、計算機可讀存儲介質(zhì)及產(chǎn)品在權(quán)利要求書中公布了:1.一種髓母細(xì)胞瘤患者分子分型方法,其特征在于,所述方法包括: 獲取全基因組測序數(shù)據(jù);所述全基因組測序數(shù)據(jù)包括:正常小腦組織全基因組測序數(shù)據(jù)和髓母細(xì)胞瘤患者腫瘤組織的全基因組測序數(shù)據(jù); 對全基因組測序數(shù)據(jù)的全基因組胞嘧啶報告文件進(jìn)行差異甲基化區(qū)域DMR分析; 對DMR分析結(jié)果進(jìn)行篩選、主成分分析以及t-SNE分析; 對t-SNE結(jié)果矩陣采用kmeans聚類方法進(jìn)行聚類; 根據(jù)聚類結(jié)果,采用拷貝數(shù)變異CNV進(jìn)行注釋,得到髓母細(xì)胞瘤患者的分子分型結(jié)果; 所述對DMR分析結(jié)果進(jìn)行篩選、主成分分析以及t-SNE分析,具體包括: 根據(jù)DMR分析結(jié)果每一DMR在患者中的方差; 將所有DMR的方差進(jìn)行遞減排序,并保留排序序列前50%的部分; 將保留的部分組成矩陣M,并根據(jù)矩陣M生成矩陣Mrand;矩陣M的維度為N2,n,其中N是選取DMR的數(shù)量,n為患者數(shù)量;M中的每一個元素表示β值;對矩陣M的每一列進(jìn)行隨機重排,生成一個新的矩陣Mrand;其中,每一列的元素順序被隨機打亂;矩陣M和矩陣Mrand維度相同; 對矩陣M和矩陣Mrand進(jìn)行主成分分析,并分別確定矩陣M的協(xié)方差矩陣C和矩陣Mrand的協(xié)方差矩陣Crand; 使用RSpectra包的eigs函數(shù)對協(xié)方差矩陣C和協(xié)方差矩陣Crand進(jìn)行特征值分解,得到特征值和特征向量;所述特征值分解的過程為: Evalues_and_Evectors=RSpectra::eigsC,k=ncolM; Evalues_and_Evectorsrand=RSpectra::eigsCrand,k=ncolMrand; 將協(xié)方差矩陣Crand的最大特征值與協(xié)方差矩陣C的特征值進(jìn)行比較得到特征向量的數(shù)量;利用公式Evalues_randmax=maxEvalues_rand1,Evalues_rand2,...,Evalues_randn找到Crand特征值中的最大值,并將最大值存在變量Evalues_randmax中;C的特征值表示為:Evalues1,Evalues2,...,Evaluesn;選擇C中m個特征向量,使得EvaluesmEvalues_randmax,最終得到V=[Evalues1,Evalues2,...,Evaluesm]; 根據(jù)得到的特征向量使用Rtsne軟件包進(jìn)行t-SNE分析;參數(shù)選擇為:theta=0,pca=F,max_iter=2500,perplexity=10。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院;深圳華大生命科學(xué)研究院,其通訊地址為:100160 北京市豐臺區(qū)南四環(huán)西路119號;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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