天津諾禾致源生物信息科技有限公司黃萬龍獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉天津諾禾致源生物信息科技有限公司申請的專利鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法和裝置獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN117095751B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-09-12發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202311133755.4,技術領域涉及:G16B30/10;該發明授權鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法和裝置是由黃萬龍;田仕林;王強輝;李玉潔;李萍設計研發完成,并于2023-09-04向國家知識產權局提交的專利申請。
本鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法和裝置在說明書摘要公布了:本發明提供了一種鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法和裝置,涉及生物技術領域。本發明提供的鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法,更加全面、準確地在全基因組水平上鑒定分析某類細菌水平轉移到此物種基因組上的片段;基于水平轉移序列片段,進一步鑒定水平轉移基因、基因片段及非編碼區域片段。為某真核生物與某類細菌基因組間水平基因轉移提供全面的解析,為進一步研究水平轉移基因片段對于真核生物作用提供堅實、全面、可靠的基礎。
本發明授權鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法和裝置在權利要求書中公布了:1.一種鑒定受體昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移序列的方法,其特征在于,包括以下步驟: a.采用全基因組比對軟件lastz進行昆蟲基因組和細菌基因組比對,提取與細菌基因組相匹配的序列; b.采用比對軟件將a步驟獲得的序列與NT數據庫進行比對,根據比對結果將序列分類為受體昆蟲組、其他后生動物組和非后生動物外群組;所述受體昆蟲組涵蓋后生動物分類下兩側對稱動物分類下節肢動物門分類下昆蟲綱分類下物種;所述其他后生動物組涵蓋除了昆蟲綱分類下物種外的其他后生動物物種; c.根據公式HTI=bestObestB-bestGbestB,計算每一條序列的HTI值;其中,bestB為序列對應受體昆蟲組的最佳比對的比對評分;bestG為序列對應其他后生動物組的最佳比對的比對評分;bestO為序列對應非后生動物外群組的最佳比對的比對評分; d.根據公式outO_pct=序列對應到非后生動物外群組的支持序列數序列對應到NT數據庫的支持序列數,計算每一條序列的outO_pct值;根據公式outWol_pct=序列對應到細菌基因組的支持序列數序列對應到非后生動物外群組的支持序列數,計算每一條序列的outWol_pct值; e.基于閾值HTI0且outO_pct≥0.6且outWol_pct0,篩選獲得昆蟲基因組來源于細菌基因組的水平轉移序列; f.提取e步驟獲得的水平轉移序列中的基因序列或者基因片段序列,剩余片段為昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移非基因區域序列; g.將f步驟獲得的基因序列或者基因片段序列重復進行b步驟~e步驟,進一步驗證篩選獲得昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移基因或基因片段; a步驟中,提取與細菌基因組相匹配的序列之前還包括:基于a步驟的比對結果,利用UCSC數據庫chainNet軟件工具構建昆蟲基因組和細菌基因組比對區塊,獲得maf文件,然后從maf文件中提取與細菌基因組相匹配的序列; g步驟之后還包括:根據細菌基因組基因注釋信息,獲得昆蟲基因組來源于細菌基因組水平轉移基因及基因片段的功能注釋信息。
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